Hlavný dokument, ktorým sa upravuje oblasť bezpečnosti a ochrany zdravia pri práci v Estónsku, je predpis o bezpečnosti a ochrane zdravia pri práci prijatý estónskym parlamentom (tzv. Riigikogu), na ktorý sa vzťahuje niekoľko schválených súvisiacich nariadení vlády a ministerstva sociálnych vecí (samotný predpis nadobudol účinnosť 26. júla 1999).V systéme bezpečnosti a ochrany zdravia pri práci v Estónsku je výkonným orgánom ministerstvo sociálnych vecí, ktoré reguluje celú oblasť, pričom sa dve z jeho sekcií (útvar pre rozvoj pracovného života a útvar pre starostlivosť o zdravie) priamo podieľajú na tvorbe politiky v oblasti BOZP a v súvisiacich oblastiach. Estónske národné kontaktné miesto agentúry EU-OSHA pracuje v rámci ministerstva sociálnych vecí (útvar pre rozvoj pracovného života). V súčasnosti národné kontaktné miesto zahŕňa 16 vládnych a mimovládnych inštitúcií.
Národné kontaktné miesto pôsobí ako zástupca agentúry v Estónsku a je sprostredkovateľským orgánom medzi agentúrou a členským štátom v príslušných činnostiach, ako aj koordinačným centrom pre aktivity na vnútroštátnej úrovni. Poslaním kontaktného miesta je poskytovať tak na vnútroštátnej úrovni, ako i na úrovni EÚ, zrozumiteľné informácie o bezpečnosti a ochrane zdravia pri práci, predovšetkým o dobrej praxi a európskych kampaniach.
Štátny dohľad nad pracovným právom a dodržiavaním požiadaviek v oblasti bezpečnosti a ochrany zdravia pri práci vykonáva inšpektorát práce. Inšpektorát práce prevádzkuje aj informačnú linku, ktorú zamestnávatelia a zamestnanci môžu využiť v prípade, že majú otázky ohľadne pracovného práva a pracovného prostredia.