Hälsokontrollprogram bör endast upprättas om de ger ett bättre skydd mot och bättre förebygger risker samt uppfyller följande fyra kriterier: behov, relevans, vetenskaplig giltighet samt effektivitet. Det är vanligtvis företagshälsovården som sköter sådana program. I Internationella arbetsmiljökommissionens etiska regler fastställs etiska kriterier för hälsokontroller.
I vissa EU-direktiv och delar av nationella lagstiftning anges innehållet i och metoden för hälsokontroller med avseende på specifika faktorer. Journaler måste föras och arbetstagarna bör informeras om resultaten. Arbetsgivaren får däremot endast information om arbetstagarens arbetsförmåga och om vilka åtgärder som bör vidtas på arbetsplatsen, eftersom uppgifterna är sekretessbelagda.
I direktiven fastställs också krav för hur och när data från övervakning och hälsokontroller får/ska göras tillgängliga samt vilka specifika regler som gäller för dokumentation. Exempelvis anger direktivet om carcinogener och mutagena ämnen att journalerna ska bevaras under minst 40 år.