Principalul document care stă la baza domeniului sănătăţii şi securităţii în muncă în Estonia este Legea privind sănătatea şi securitatea în muncă adoptată de Parlamentul estonian – Riigikogu – în baza căreia au fost elaborate şi adoptate mai multe reglementări relevante ale Guvernului Republicii şi Ministerului Afacerilor Sociale (legea a intrat în vigoare la 26 iulie 1999). În sistemul de sănătate şi securitate în muncă din Estonia, Ministerul Afacerilor Sociale constituie autoritatea executivă care reglementează întreaga zonă, în timp ce două dintre unităţile sale structurale (Departamentul pentru Dezvoltarea Vieţii Profesionale şi Departamentul pentru Asistenţă Medicală) sunt implicate direct în elaborarea de politici legate de sănătatea şi securitatea în muncă. Punctul focal estonian pentru EU-OSHA funcţionează în cadrul Ministerului pentru Afaceri Sociale (Departamentul pentru Dezvoltarea Vieţii Profesionale). Actualmente, reţeaua de puncte focale include 16 instituţii guvernamentale şi neguvernamentale.
Punctul focal naţional acţionează ca reprezentant al Agenţiei în Estonia, funcţionând ca organism independent între Agenţie şi statul membru pentru activităţile relevante, precum şi ca organism de coordonare pentru activităţi la nivelul statului membru. Obiectivul sitului internet al punctului focal este să ofere informaţii complete atât de la nivel naţional, cât şi de la nivelul UE cu privire la sănătatea şi securitatea în muncă, în special despre bunele practici şi campaniile europene.
Supravegherea publică în ceea ce privește dreptul muncii și respectarea cerințelor privind sănătatea și securitatea în muncă este gestionată de Inspectoratul de Muncă. De asemenea, Inspectoratul de Muncă are o linie telefonică de informare la care angajatorii și angajații se pot adresa cu întrebări privind dreptul muncii și mediul de lucru.